Растения и плоды баклажана повреждают совки, медведка, слизни, ряд сосущих и листогрызущих вредителей, особенно паутинный клещ и колорадский жук, а также тли и трипсы. Баклажану большой ущерб наносят грибные, бактериальные и вирусные болезни — макроспориоэ, увядания, столбур, различные гнили.

На садовых участках меры борьбы с болезнями и вредителями баклажана в основном агротехнические и механические — уничтожение растительных остатков и заболевших растений, глубокая пахота или перекопка, правильное чередование и размещение культур, оптимальный водный, температурный и питательный режим, сбор и уничтожение вредителей вручную.

Химические меры борьбы на посадках баклажана на садовых огородах ограниченны — разрешено использовать лишь наиболее безопасные для человека препараты, которые реализуются через розничную торговлю. При этом необходимо строго соблюдать рекомендации, изложенные в прилагаемых к препаратам инструкциях.

Против вирусных болезней применяют выдерживание семян в течение 20 мин, а 1%-ном водном растворе марганцовки. В течение вегетации против болезней используют бордоскую смесь, медный купорос с кальцинированной содой, серу коллоидную, серу молотую, поликарбацин, полихом.

В борьбе с сосущими и листогрызущими вредителями для опрыскивания растений используют карбофос, фоксим и ряд других препаратов. Применяют и бактериальные препараты, например дендробациллин и энтобактерин против листогрызущих гусениц, битоксибациллин против колорадского жука. Против медведки используют отравленные приманки.